原生生物是生物五界（植物界、真菌界、动物界、原生生物界和原核生物界）之一，主要是由单细胞真核生物组成的一大类群，包含单细胞真核藻类和原生动物等，已描绘的物种数超越6万种，不知道品种难以估计。
据介绍，原生生物分布极为广泛，只需有水的当地，就有原生生物存在。原生生物是水生态系统重要组分，其间的藻类贡献了地球上近50%的光合行为，也是水产动物和人类的优秀饵料和养分品，别的，部分甲藻和硅藻疯长会构成河流和海洋有毒藻华，带来严峻环境问题。一起，许多原生生物是人、畜禽和水产动物的重要致病性寄生虫，如构成人疟疾的疟原虫、昏睡病的锥虫、鸡球虫病的球虫，构成鱼白点病的小瓜虫等。
现在，在根底生物学研讨方面，一些原生生物作为形式生物作出了重要贡献。例如在嗜热四膜虫中发现的核酶以及端粒和端粒酶别离获得了1989年和2009年诺贝尔奖。但是，已揭露宣布了基因组数据的原生生物仅400余种。
据悉，该方案由中科院水生所联合西藏大学、河南农业大学、中国农科院兰州兽医研讨所、中科院北京基因组研讨所和华中科技大学等单位一起建议。中科院水生生物研讨所副所长殷站介绍，万种原生生物基因组方案是国际上初次针对原生生物界大规模基因组测序方案。该方案将依托各建议单位保藏的3000多种真核藻类和原生动物种质资源，经过继续的样品收集和宏基因组数据发掘，在未来3年完成约一万种原生生物的基因组测序和剖析，将包含原生生物悉数26个门/类，掩盖超越85%的纲、60%的目和30%的科属。
展开万种原生生物基因组方案，有助于了解生物多样性构成机制、多细胞生物/有性生殖的来源与演化等严重根底生命科学问题，促进国家科技资源共享服务渠道信息彼此连通，推进与生态环境保护、养分健康和疾病防治相关原生生物种质传资源的发掘与使用实践。